
Его нахальная, прилипчивая девчонка оказывается в смертельной опасности. Ему предстоит отправиться за ней в черные лабиринты, чтобы отыскать её среди бесконечных коридоров, населённых монстрами. Вот только отряда ему с собой не дали, а лишь одного добровольца, которого он не прочь "потерять" в ходе спасательной операции.
Эмили Ли возвращается в прибрежный городок Стормхарбор после годичного отсутствия, связанного с событиями первой книги. Её преследуют ночные кошмары о чёрных лабиринтах — древних подземных тоннелях под городом, где она едва не погибла, пытаясь раскрыть тайну исчезновения младшего брата. Город кажется изменившимся: участились землетрясения, жители шепчутся о пробудившихся духах, а на стенах домов появляются странные символы, напоминающие узоры из лабиринта. Встреча со старым другом детства, Люком, выявляет напряжённость — он обвиняет Эмили в том, что её вмешательство год назад нарушило хрупкое равновесие между мирами.
В местном архиве Эмили находит дневник своей прабабки, Эвелин Ли, которая в 1920-х годах возглавляла тайное общество, изучавшее лабиринты. Записи раскрывают шокирующий факт: все женщины в роду Ли обладали способностью "видеть сквозь камни", но платили за это страшную цену — раннее безумие или исчезновение. Эмили начинает понимать, что её одержимость лабиринтами не случайна — древний ритуал связывает её судьбу с подземельями. Тем временем в городе пропадают подростки, а на берегу находят статуэтки из обсидиана, идентичные тем, что Эмили видела в глубине лабиринта.
Пытаясь собрать информацию, Эмили сталкивается с доктором Артуром Вейном — эксцентричным археологом, который десятилетиями изучает лабиринты. Он раскрывает, что тоннели являются порталом в Эребус — мир теней, где время течёт иначе. Вейн предупреждает: каждые 33 года врата открываются, и "Пожиратели" выходят на охоту. Их следующее появление должно случиться через три дня. Люк, несмотря на прежние разногласия, присоединяется к поискам, признаваясь, что его сестра тоже пропала. Трио обнаруживает скрытый храм под маяком, где на стенах изображён ритуал жертвоприношения — девушки из рода Ли, заточенной в центре лабиринта.
Во время шторма Эмили невольно активирует древний механизм в подвале своего дома. Её сознание переносится в Эребус, где она видит призраков предков, включая Эвелин. Та объясняет: чтобы остановить Пожирателей, нужно разрушить Око Абисса — кристалл в сердце лабиринта. Но для этого требуется двойная жертва — кровь наследницы Ли и добровольный отказ от своей судьбы. Вернувшись в реальность, Эмили замечает изменения: она теперь чувствует колебания земли и видит ауры людей. Её связь с лабиринтом усиливается, вызывая мигрени и кровавые видения.
Появление таинственного незнакомца по имени Дариан усложняет ситуацию. Он утверждает, что был заключённым в Эребусе 300 лет и знает способ уничтожить Око без жертв. Между ним и Эмили возникает напряжённое притяжение, но Люк подозревает обман — в старых отчётах упоминается предатель по имени Дариус, помогший Пожирателям в прошлом. Вейн находит различия в символах: часть из них указывает на ритуал освобождения, другие — на вечное заточение. Группа разделяется: Эмили верит Дариану, Люк настаивает на осторожности, а Вейн исчезает при загадочных обстоятельствах.
В канун зимнего солнцестояния Эмили и Дариан спускаются в центральный лабиринт. Там они находят замороженные во времени фигуры пропавших горожан, включая брата Эмили. Дариан признаётся, что он — страж портала, наказанный за сострадание к людям. Его план — использовать силу Эмили, чтобы взорвать врата, но это убьёт её. Между ними происходит схватка. Люк, последовавший за ними, жертвует собой, толкая Дариана в пропасть. Эмили добирается до Ока Абисса, но вместо разрушения решает поглотить его энергию, надеясь обратить силу против Пожирателей.
Поглощение кристалла вызывает катаклизм — лабиринты начинают рушиться, а Эребус просачивается в реальность. Эмили, управляя новой силой, сталкивается с Королевой Пожирателей, принимающей облик её матери. Монстр предлагает сделку: спасти близких в обмен на вечное служение. В последний момент Эмили вспоминает слова прабабки — "иногда жертва есть акт милосердия" — и направляет энергию Ока на себя, вызывая контролируемый коллапс. Проснувшись в больнице, она обнаруживает, что лабиринты исчезли, а пропавшие возвращены. Но её тело теперь светится бледным сиянием, а в зеркалах мелькают тени существ из Эребуса.
Через месяц после событий Эмили замечает, что город постепенно забывает о лабиринтах. Только Люк, чудом выживший, и Вейн, оказавшийся бессмертным стражем, помнят правду. На прощании археолог вручает ей карту с отметками других лабиринтов по миру. "Ты стала ключом, — говорит он, — но некоторые двери лучше навсегда закрыть". В последней сцене Эмили стоит на крацу обрыва, глядя на океан. Вода на миг становится чёрной как смоль, отражая звёзды, которых нет на небе. Она поворачивается к зрителю — её глаза мерцают как Око Абисса.